Như trong Dune II, ba phe chính chơi được là Nhà Atreides, Nhà Harkonnen và Nhà Ordos. Ngoài ra còn có bốn phe phụ không điều khiển được: Nhà Corrino, người Fremen, lính đánh thuê (Mercenaries) và dân buôn lậu (Smugglers).

Nhà AtreidesĐến từ hành tinh nước Caladan, Nhà Atreides hết lòng trung thành với vị Công tước của họ và đi theo ông với lòng nhiệt thành. Mentat nổi tiếng của Công tước là Noree Moneo (John Rhys-Davies), đóng vai trò cố vấn và đứng vào hàng ngũ lực lượng của Công tước trên Arrakis. Phi đội tàu chim của gia tộc này đảm bảo sức mạnh không quân vượt trội của họ dưới sự yểm trợ của loại xe thiết giáp Sonic Tanks nhằm tiêu diệt kẻ thù một cách nhân đạo. Công tước cũng muốn phát triển mối quan hệ đồng minh với người Fremen, vốn là các chiến binh bản địa của Dune.Nhà HarkonnenNhà Harkonnen nằm dưới sự cai quản của vị Nam tước độc ác và đến từ hành tinh hoang sơ đầy núi lửa Giedi Prime. Theo lời Lệnh bà Elara, thứ mang dáng vẻ con người duy nhất về Harkonnen là cấu tạo di truyền của họ, khi toàn bộ nhân tính đã bị bỏ mặc từ lâu để đổi lấy sự tàn bạo và điên rồ, thiên về hỏa lực thuần túy bởi loại xe thiết giáp Devastator Tanks và pháo tự hành Death Hand Missile. Mentat của Nam tước là Hayt De Vries (Robert Carin) được sinh ra từ xác thịt của một người chết trong Tleilaxu Flesh Vats.Nhà OrdosNhà Ordos bắt nguồn từ hành tinh không tên giá lạnh, có băng bao phủ trong Dune 2000 nhưng về sau gọi là Sigma Draconis IV trong Emperor: Battle for Dune. Khi họ tự nhập khẩu hàng hóa từ hệ sao gần đó, Nhà Ordos dựa vào kỹ năng của một thương nhân để kiếm lợi nhuận cho riêng mình; thế nhưng, sự giàu có đã làm cho họ ngày càng hoang tưởng. Theo như trong cuốn hướng dẫn, Nhà Ordos tự mua tất cả các đơn vị quân thay vì gầy dựng nên chúng, bao gồm Saboteurs chuyên phá hủy nhà cửa và Deviator Tanks tạm thời khiến cho khí tài của quân địch quay lại đánh lẫn nhau. Không giống như hai gia tộc kia, Nhà Ordos không được đề cập trong bất kỳ cuốn tiểu thuyết Dune nào của Frank Herbert, nhưng có nhắc đến qua bộ kinh sách không chính thức Dune Encyclopedia.[3]